Genética y Biología Molecular
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Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Caracterización molecular de Leptospira spp de fuentes de agua mediante la Secuenciación de Múltiples Loci (MLST) de zonas endémicas del Perú 2019 y 2022(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2024) Delgado Baldeon, Mercedes Angelica; Salas Asencios, RamsésEl presente estudio tuvo como objetivo caracterizar aislamientos de Leptospira spp procedentes de fuentes de agua de la Vigilancia Epidemiológica en Zonas Endémicas del Perú de los años 2019 y 2002, realizado por el Laboratorio de Referencia Nacional de Zoonosis Bacterianas mediante pruebas como el cultivo microbiológico, PCR en tiempo real (qPCR) y Tipificación por Secuenciación de Múltiples Loci (MLST). El estudio fue descriptivo y la optimización de la metodología MLST fue con cepas de referencia de Leptospira spp patógenas y aplicados a 32 aislamientos de Leptospira spp, emplea una PCR de punto final seguido de secuenciación por el método Sanger de 7 genes “Housekeeping”, los cuales generaron un perfil alélico conocido como “Sequence type” (ST) o genotipo. De un total de 32 aislamientos analizadas, un 50% (16) fueron positivos al qPCR y de éstas un 25% (8) fueron determinados como la especie L. interrogans y ST13 (7/8) y un genotipo “nuevo”. Además, los resultados fueron enviados al curador de la página web: https://pubmlst.org/organisms/leptospira-spp para su registro y asignación del genotipo nuevo. El MLST permitió identificar un clon predominante en un 87.5% y un genotipo “ST nuevo” en aguas superficiales de uso humano en la región de Piura. Los datos obtenidos se enviaron a una base de Leptospira a nivel mundial permitiendo ubicar al Perú como la segunda región con mayores casos de leptospirosis en Latinoamérica, donde las variantes que existe en el Perú, permite establecer la relación filogenética entre las cepas y la disponibilidad de información para cualquier investigador.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Evaluación del sistema automatizado de extracción de ácidos nucleicos MGISP-960 y amplificación por el termociclador CFX96tm de bio-rad para la detección de Sars-Cov-2(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2024) Huamán Angeles, Estela Alejandra; Salas Asencios, RamsésA principios de 2020 se identificó un nuevo coronavirus posteriormente denominado SARS-CoV-2, agente causante de la COVID-19. Ante la posible introducción de este patógeno en las Américas, la Organización Panamericana de la Salud apoyó a los Centros Nacionales de Influenza en la implementación del diagnóstico molecular del SARS-CoV-2. El Instituto Nacional de Salud del Perú con el fin de satisfacer la alta demanda de diagnósticos del SARS-CoV-2 adquirió tecnologías basadas en la Reacción en Cadena de la Polimerasa de transcripción reversa (RT-PCR) en tiempo real, como los métodos automatizados con tecnología robótica (Cobas® 6800, GeneXpert) y metodologías semiautomatizadas (MGISP-960, oKtopureTM,). El objetivo del presente estudio fue evaluar el proceso de extracción de ácidos nucleicos del SARS-CoV-2 utilizando el sistema MGISP-960 y el proceso de amplificación mediante el termociclador CFX96TM. Entre los resultados más importantes se pueden señalar que el proceso de extracción del sistema MGISP-960 fue de 1 hora 40 min en promedio, 50% adicional al tiempo indicado por el fabricante (52 min). Se revisaron los resultados de la amplificación de 36,821 muestras, determinándose resultados inválidos en el 1.5% de las muestras, 3.5% en controles negativos y 7.0% en controles positivos. En conclusión, el MGISP-960 no es un sistema automatizado debido a que 50% del trabajo es manual; asimismo, la duración del proceso de extracción de ácidos nucleicos superó en más del 50% al indicado por el fabricante. Por otro lado, se determinó que la mayor proporción de resultados inválidos del proceso de amplificación fueron controles positivos (7.0%).Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Perfiles genéticos en indicios biológicos de interés criminalístico(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2023) Aparicio Sigüeñas, Jorge Luis; Salas Asencios, RamsésObjetivos: Determinar si los procedimientos seguidos durante el proceso influyen en la obtención de perfiles genéticos en indicios biológicos de interés criminalístico. Métodos: Los datos se recopilaron haciendo uso una ficha de recolección de datos. Resultados: En los procedimientos seguidos durante el proceso: 51 muestras biológicas se obtuvieron de soporte originario y 597 se obtuvo de soporte de transferencia, para la obtención de perfiles genéticos en soporte originario se obtuvo: 7 completos, 4 incompletos y 40 no amplificados; en tanto que, en soporte de transferencia se obtuvo: 118 completos, 58 incompletos y 421 no amplificados. En 30 muestras biológicas se empleó el método semi automatizado, el cual se obtuvo: 17 completos y 13 no amplificados. En 215 muestras biológicas se empleó el kit comercial, el cual se obtuvo: 45 completos, 27 incompletos y 143 no amplificados. En 403 muestras biológicas se empleó el método convencional, el cual se obtuvo: 66 completos, 38 incompletos y 299 no amplificados. En 612 muestras biológicas se utilizó el kit de 16 marcadores, el cual se obtuvo: 106 completos, 63 incompletos y 443 no amplificados. En 36 muestras biológicas se utilizó el kit de 24 - 25 marcadores, el cual se obtuvo: 17 completos y 19 no amplificados. Conclusiones: el soporte utilizado en la toma de muestra no influye en la obtención de perfiles genéticos, en tanto que, el método de extracción de ADN empleado y el Kit de amplificación utilizado influyen en la obtención de perfiles genéticos en indicios biológicos de interés criminalístico.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Eficacia de la utilización de la inmunocitoquimica para el diagnostico y/o tipificacion de enfermedades neoplasticas sobre frotices citológicos en el instituto nacional de enfermedades neoplasicas en los años 2017-2018(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2022) Huamanciza Ostos, Yolanda Eugenia; Salas Asencios, RamsésIntroducción: La detección temprana de las distintas neoplasias es uno de los objetivos principales de la Unidad Funcional de Citopatología del Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Se realiza mediante el análisis microscópico de los frotices citológicos de pacientes provenientes de Lima y diferentes regiones del país que acuden a nuestro Instituto para realizar el posterior diagnóstico y tratamiento del paciente. Una de las limitaciones es la escasez del material citológico colectado a través de las diferentes técnicas de obtención celular: biopsias por aspiración con aguja fina (BAAF), técnica de Papanicolaou, extracción de líquidos corporales, expectoraciones, etc. La técnica de inmunocitoquímica (ICQ) es de gran especificidad y alta sensibilidad para la detección de células neoplásicas mediante la interacción antígeno-anticuerpo, permitiendo identificar eficazmente moléculas en ínfimas cantidades en las células. Objetivo: Evaluar la eficacia del uso de técnicas como la ICQ para casos de frotices citológicos con sospecha de malignidad y sin otro tipo de material citológico que aporte elementos para un diagnóstico preciso. Métodos: Revisión de la base de datos del Laboratorio de Citología con resultados del sistema de visualización EnVision™ FLEX mini Kit, High pH (Dako Omnis), indicado para realizar ICQ con los instrumentos Dako Omnis. Conclusión: De los 304 casos con sospecha de malignidad, se pudo establecer la positividad en 244 (80.26%), la negatividad en 30 casos (9.87%) y 30 casos (9.87%) quedaron como sospechosos de malignidad.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Frecuencia del Papiloma Virus Humano en pacientes con cáncer de pene en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas por PCR-RFLP durante 2020(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2022) Mejía Farro, Juan Roberto; Salas Asencios, RamsésEl cáncer de pene es una enfermedad neoplásica rara en países occidentales, y se presenta con mayor incidencia en países en desarrollo como Brasil, Colombia, Paraguay y Perú. La infección por Papiloma Virus Humano (PVH) aumenta el riesgo de desarrollar cáncer de pene por los genotipos 16 y 18. Mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), empleando Cp-MY09/MY11, podemos detectar infección por PVH. A los casos detectados positivos por PVH, el producto amplificado es sometido a PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Poymorphism), y con una enzima de restricción AFA I, genotipificamos 6 tipos de PVH: 6, 11, 16, 18, 31, y 33, siendo estos los más frecuentes a nivel mundial. En los casos que fueron detección negativa por PVH, se realizó una nested PCR usando primers internos GP5/GP6; dando una mayor sensibilidad a la metodología.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Enriquecimiento de mutaciones en el cáncer de mama triple negativo metastásico(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2022) Saravia Paz Soldán, César Hernán; Rodrigo Rojas, María ElenaAntecedentes: El Cáncer de Mama Triple Negativo (TNBC) es una enfermedad heterogénea con biología agresiva y evolución tumoral compleja. El propósito fue identificar el enriquecimiento de las alteraciones genómicas del Cáncer de Mama Triple Negativo Metastásico (mTNBC). Métodos: Se recuperaron datos genómicos de 550 tumores TNBC primarios del “Consorcio Internacional de Taxonomía Molecular del Cáncer de Mama” (METABRIC) y los conjuntos de datos Atlas de Genoma del Cáncer (TCGA), 58 tumores mTNBC del "Perfil Mutacional de Cánceres de mama metastásicos" y "El Proyecto de cáncer de mama metastásico". El análisis estadístico de los datos de Microarrays entre tumores primarios y metastásicos se realizó mediante una prueba del Chicuadrado, y se estimó el porcentaje de enriquecimiento de mutaciones en mTNBC. Los valores de P se ajustaron para pruebas múltiples con el método Benjamini-Hochberg con una tasa de falso descubrimiento (FDR) <0.5. Además, identificamos las características del cáncer en mTNBC. Resultados: Siete genes TTN, HMCN1, RELN, PKHD1L1, DMD, FRAS1 y RYR3 se enriquecieron en mTNBC después de aplicar la prueba múltiple. Solo la amplificación RPS6KB2 fue estadísticamente significativa; por el contrario, los genes TET1, RHOA, EPHA5, SET, KCNJ5, ABCG4, NKX3-1, SDHB, IGF2 y BRCA1 fueron los más frecuentes. La alteración molecular relacionada a las características del cáncer fue la "inestabilidad genética y mutación". Sin embargo, la "activación de la destrucción inmune" fue el menos representado. Conclusión: A pesar de las limitaciones del estudio, se identificaron patrones recurrentes de alteraciones genómicas con posible contribución en la evolución del tumorItem type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Clasificación clínica de la COVID-19 y su correlación con el valor Ct de la RT-PCRq en casos positivos a SARS-CoV-2 detectados en el Laboratorio de Biología Molecular-DIRESA Cajamarca(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2021) Quiroz Ruiz, Hans Ramón; Chimoy Effio, Pedro JorgeIntroducción: El valor Ct de la RT-PCRq se asocia inversamente con la carga viral relativa respecto a una secuencia diana, este valor se ha relacionado con la progresión de los cuadros clínicos en infecciones respiratorias virales, cobrando importancia en el marco de la pandemia de COVID-19. Objetivos: Determinar el grado de correlación entre la clasificación clínica de la COVID-19 y el valor Ct, así mismo estratificar las características epidemiológicas según el valor Ct en casos positivos a SARS-CoV-2 detectados en el Laboratorio de Biología Molecular de la Dirección Regional de Salud Cajamarca. Métodos: Se realizó un estudio observacional correlacional de corte transversal. Se utilizó un kit comercial para detección del gen N del SARS-CoV-2 mediante RT-PCRq. La clasificación clínica (leve, moderado, severo) y las características epidemiológicas se establecieron al momento de la toma de muestra; los rangos de Ct se establecieron con un estimador robusto. Se contrastaron las variables de interés con el valor Ct. Resultados: Se encontró correlación significativa (p=0.002) inversa débil (rho de Spearman = -0.117), entre el valor Ct y la clasificación clínica. Se demostró que el sexo, la edad (menor a 65 años), la fiebre, el escalofrío, la diarrea, la anosmia y el sobrepeso-obesidad estuvieron asociadas significativamente al valor Ct. Conclusiones: Debido a la correlación inversa entre el valor Ct y la clasificación clínica de la Covid-19, los resultados indican que a menor valor Ct (mayor carga viral) se espera una clasificación de mayor severidad en los casos positivos a SARS-CoV-2.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Análisis de la diversidad génetica de las variedades de olivo (Olea europaea L.) cultivadas en la Provincia De Tacna - Perú(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2021) Cama Zamudio, César Adolfo; Salas Asencios, RamsésLa identificación de géneros y especies a través de la tecnología del ADN es una práctica común para establecer diferencias a nivel genético entre individuos que están dentro de una misma especie; pero que por algún tipo de presión evolutiva comienzan a mostrar cambios a nivel de sus secuencias nucleotídicas encontradas en su ADN. Estos cambios pueden ser usados como marcadores que permitan definir si se está frente a una nueva variedad que pertenece a una determinada zona de cultivo, en un determinado ámbito geográfico de un país o región (denominación de origen) y que al relacionarse estas variedades con características de interés económico del cultivo puedan incrementarse las utilidades en toda la cadena productiva. En el presente trabajo académico se realizó la caracterización molecular (ADN) de los principales cultivares de Olea europea L. que se cultivan en la provincia de Tacna usando marcadores AFLP (Amplified Fragment length polymorphism), donde se encontró una distancia genética alta entre las variedades Ascolana y Coratina (0.2323) y se determinó una mayor diversidad genética de las variedades de olivo estudiadas en los locus (L): L6, L20, L33, y L89 con índices de diversidad de Nei de 0.4945, 0.4986, 0.4937 y 0.4989 respectivamente.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Detección mediante PCR en tiempo real de los genes de fusión TEL-AML1, E2A-PBX1, MLL-AF4 Y BCR-ABL en pacientes pediátricos con leucemia linfoblástica aguda en el Hospital Edgardo Rebagliati-2016(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2021) Tantaleán Bazán, Norma Carolina; Salas Asencios, RamsésLa Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) es un trastorno maligno del tejido hematopoyético que se caracteriza principalmente por el aumento en la producción de células linfoides inmaduras o blastos, y es más frecuente en niños. Los esfuerzos para el estudio de las leucemias se enfocan en la búsqueda de biomarcadores pronósticos de respuesta al tratamiento. El presente estudio fue del tipo observacional, descriptivo, prospectivo y de corte transversal; cuyo objetivo principal fue detectar los principales marcadores moleculares pronósticos en la leucemia linfoblástica aguda mediante PCR en tiempo real como son los genes de fusión TELAML1, E2A-PBX1, MLL-AF4 y BCR-ABL en pacientes pediátricos con leucemia linfoblástica aguda en el Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins durante el año 2016. Se obtuvieron 45 muestras de sangre periférica y/o médula ósea de pacientes pediátricos con diagnóstico de LLA del hospital Edgardo Rebagliati Martins, se realizó la extracción de ARN utilizando el kit de extracción comercial Ambion Ribopure RNA purification; para detectar los transcritos de los genes de fusión se realizó una PCR en tiempo real de un solo paso utilizando el kit comercial marca Entrogen. Se detectó la presencia de algún gen de fusión en 9 pacientes (20%), de los cuales el gen TEL/AML1 fue el más frecuente (15.6%).Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Influencia del proceso tafonómico en la obtención de ADN a partir de tejido óseo humano proveniente de fosas clandestinas utilizando tres metodologías de extracción molecular(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2021) Portuguéz Ramírez, Lucero Illariy; Salas Asencios, RamsésLos estudios genéticos y moleculares en restos óseos antiguos de interés forense son cada vez más frecuentes y se basan en técnicas de extracción del ADN, las cuales emplean metodologías complejas que deben enfrentarse a muestras poco conservadas con serios problemas como la degradación, la limitada cantidad de ADN y la presencia de inhibidores. El presente trabajo se desarrolló con la finalidad de comparar tres metodologías de extracción de ADN y evaluar laeficiencia en la obtención de ADN nuclear útil para casos forenses, mediante la técnica de PCR. Se evaluó la cantidad de ADN, la presencia de inhibidores y la procedencia de las muestras con cada metodología de extracción analizada: el método orgánico, el de desmineralización con las recomendaciones de la ICMP y el que emplea el Kit comercial QIAamp DNA Investigator de QIAgen®, los mismos que requieren procedimientos distintos para la digestión y descalcificación de la muestra ósea. Se analizaron 119 muestras recuperadas de lugares de entierro clandestinos en diferentes contextos tafonómicos y expuestas a mecanismos deteriorantes: impacto ácido, alcalino y microbiano. Los extractos de las muestras fueron cuantificados, evidenciando la cantidad de ADN e inhibidores, con estos resultados se obtuvieron diferencias y similitudes entre las metodologías, demostrando que el protocolo de desmineralización obtuvo los mejores resultados de cuantificación. Asimismo, se pudo comprobar que el tamaño del poro de las columnas de purificación y los dispositivos de ultrafiltración son necesarios para obtener ADN con el éxito deseado.Item type: Ítem , Access status: Acceso Abierto , Análisis de frecuencias en la identificación de perfiles genéticos en muestras detectadas por quimioluminiscencia en el laboratorio de biología molecular, Dirección de Criminalística de la Policía Nacional del Perú durante el periodo 2016 - 2018(Universidad Nacional Federico Villarreal, 2021) Pinto Gamarra, Richard Manuel; Salas Asencios, RamsésEl presente estudio tiene como objetivo realizar el análisis de la frecuencia de perfiles genéticos determinados y no determinados en muestras detectadas por quimioluminiscencia en el Laboratorio de Biología Molecular de la Dirección Nacional de Criminalística entre los años 2016 al 2018. El tipo y diseño del estudio empleado fue el descriptivo, longitudinal y retrospectivo. Se obtuvieron muestras a partir de Inmuebles, Vehículos, Prendas y Personas y se analizó también el lugar de procedencia, número de casos, el reactivo utilizado para determinar la quimioluminiscencia y el tipo de soporte para el recojo de las evidencias. De un total de 764 muestras, en el 70.0% (534), no se pudo determinar el perfil genético. Se analizaron un total de 87 casos, siendo el 66.66% (58 casos) de provincias y el 33.34% (29 casos) provenientes de Lima. En los inmuebles, el porcentaje más alto de identificación genética completa fue en el año 2018 con un 75.9%; en vehículos en el año 2017 con un 90.9%, en lo referente a prendas fue en el año 2017 con 66.7% y en personas en el 2018 con un 100%. El porcentaje más bajo de identificación genética completa se dio en prendas con un 9% (09 muestras).